Las consultas de ejecución prolongada son una señal de un diseño deficiente. Lo mejor es inspeccionar las consultas en cuestión y cómo se podrían optimizar. Esto sería simplemente ignorar el problema.
Si aún desea esto, puede usar el comando SHOW PROCESSESLIST para obtener todos los procesos en ejecución. Y luego use KILL x para eliminar la conexión de un cliente. Pero para que esto funcione, debe verificar esto desde otro script PHP, ya que aún no es posible realizar subprocesos múltiples. Además, no es aconsejable dar a los usuarios utilizados por las concesiones de PHP para alterar la configuración del servidor.
