Si ha convertido sus asignaciones en anotaciones de xml/yml, asegúrese de eliminar los archivos de asignaciones anteriores.
En este ejemplo, ejecuta:php app/console doctrine:mapping:convert annotation
para convertir:AppBundle\Resources\config\doctrine\MyEntity.doctrine.xml
en anotaciones en línea con este archivo:AppBundle\Entity\MyEntity.php
se produce un error porque está usando asignaciones xml antes de usar anotaciones. Elimine el xml y debería estar bien.