Esto es de memoria y no probado. Como no ha dicho cuál fue el error, supongo que hice algo similar antes con Mysql. Si el error dice que no puede actualizar y seleccionar de la misma tabla, debe agregar un alias a la selección. Si no, creo que deberías usar un IN, no un join.
No probado pero debería funcionar
UPDATE `customers`
SET `customers.working` = 'DUPL'
WHERE customers.ordernumber IN (SELECT t1.`ordernumber`
FROM (SELECT ordernumber
FROM `customers`
GROUP BY `ordernumber`
HAVING Count(`ordernumber`) > 1) AS t1);
En un móvil, espero que esté bien formateado y corchetes en el orden correcto, etc. :)
