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Use un CTE para ACTUALIZAR o ELIMINAR en MySQL

Dado que el CTE no es actualizable, debe consultar la tabla original para eliminar filas. Creo que estás buscando algo como esto:

WITH ToDelete AS 
(
   SELECT ID,
          ROW_NUMBER() OVER (PARTITION BY lastName, firstName ORDER BY ID) AS rn
   FROM mytable
)   
DELETE FROM mytable USING mytable JOIN ToDelete ON mytable.ID = ToDelete.ID
WHERE ToDelete.rn > 1;