MySQL mantiene un caché de tablas, consultas y resultados utilizados recientemente en la memoria, para devolver resultados más rápidos. Por ejemplo, si consulta "seleccione * de la empresa donde id =1" de un cliente 1 millón de veces, solo la primera consulta debe ir al disco, las siguientes 999,999 vendrán directamente desde el caché de RAM. No hay razón para que MySQL caduque este caché hasta que sepa que necesita más memoria, por lo que mantiene las cosas guardadas hasta que necesite liberar RAM para otro trabajo o resultados de uso más frecuente.
No pretendo ser un experto; entiendo que la optimización de caché de consultas de base de datos es una ciencia muy compleja y profunda. Los programadores de Oracle, Microsoft y otros han pasado años y años trabajando en la mejor manera de administrar el espacio de caché, por lo que es difícil de predecir desde el exterior.