¿Cómo cambio todas las tablas en mi base de datos para usar AUTO_INCREMENT=1?

Para cambiar el valor del contador AUTO_INCREMENT que se utilizará para filas nuevas, haga lo siguiente:

ALTER TABLE `table_name` AUTO_INCREMENT = 1;

Para actualizar todas sus 31 tablas, puede usar este script php:

<?php
$tables = array('table1','table2','tableX'); //continue here
foreach($tables as $update)
{
     mysql_query("ALTER TABLE `".$update."` AUTO_INCREMENT = 1;");
}
?>