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Las filas de MySQL se eliminan cuando el programa sale

Parece que necesitas connection.commit() sus cambios después de ejecutar la consulta (reemplazar connection con su variable de conexión DB).

http://docs.python.org/library/sqlite3.html

Conexión.commit() :Este método confirma la transacción actual. Si no llama a este método, cualquier cosa que haya hecho desde la última llamada a commit() no será visible desde otras conexiones de bases de datos. Si se pregunta por qué no ve los datos que ha escrito en la base de datos, compruebe que no se olvidó de llamar a este método.