Hibernate utiliza una agrupación de conexiones primitiva mecanismo , que no es adecuado para fines de producción (¡incluso lo dice en el archivo de registro!). Deberías siempre use un mecanismo de agrupación de conexiones, ya sea el proporcionado por su contenedor, ya sea un mecanismo incluido en su aplicación (c3p0, por ejemplo). La excepción que está viendo es porque MySQL cerró una conexión "antigua" que Hibernate todavía está usando. Puede intentar agregar una opción de URL de JDBC, como "reconexión automática", pero esa no es realmente una solución a largo plazo.
Idealmente, debe configurar su contenedor para suministrar las conexiones a su aplicación a través de JNDI. Esto se hace fácilmente con un archivo "-ds.xml" en JBoss o con un context.xml para Tomcat.
