Sí, es posible. Cómo depende del sistema operativo que esté ejecutando. Un enfoque es la función PHP exec para ejecutar un programa externo.
El comando a ejecutar depende del sistema operativo, como dije. Aquí está el comando (si estoy en lo correcto, por favor dígame si no lo estoy):
/etc/init.d/mysql restart
Mac OS X
/usr/local/mysql/support-files/mysql.server restart
Ventanas
net stop MySQL
net start MySQL
En Windows MySQL puede variar. Si esto no funciona para usted, eche un vistazo a esta pregunta:reiniciar servidor mysql en windows 7
Otro enfoque podría ser a través de SSH usando la extensión SSH PHP, que debe instalarse primero. Eche un vistazo a:http://www.php.net/manual/ es/ssh2.installation.php
Luego conéctese al servidor SSH y ejecute los comandos:
$con = ssh2_connect("example.com", 22); // Connect to SSH server
$exec = ssh2_exec($con, "/etc/init.d/mysql restart"); // Execute command
Espero que esto te haya ayudado;)