mysql-server (de cualquier versión) depende de otros paquetes (en su caso mysql-community-libs mysql-community-server)
Cuando se instala en primer lugar con la versión anterior, se instalan estas cosas. Cuando "desinstala" mysql-server, estas dependencias NO se eliminan.
Cuando intente instalar la nueva versión, estos paquetes aún existentes entrarán en conflicto con el nuevo paquete. No importa si los archivos reales en el paquete están allí, es el paquete y la lista de lo que se espera lo que entra en conflicto.
Para resolver su problema, averigüe cuáles eran las dependencias de mysql-server y desinstálelas antes de intentar la instalación.
Esta respuesta https ://superuser.com/questions/294662/how-to-get-list-of-dependencies-of-non-installed-rpm-package puede ser de interés para averiguar de qué depende mysql-server
