Yo he tenido el mismo problema. El proveedor que me vi obligado a usar solo tenía MyISAM y lo desarrollé en InnoDB. Es posible migrar ya que parece que MyISAM ignora todos los comandos FK que usa al crear el esquema.
Utilicé una exportación simple desde Mysql Workbench e importé el esquema y el contenido en el host remoto.
Creo que las restricciones de la base de datos se mantendrían desde que desarrollé y probé usando InnoDB con verificación FK. Si su código es sólido, el riesgo de que la base de datos pierda integridad debería ser mínimo. Pero, por supuesto, puede haber casos de problemas imprevistos con las claves si no maneja algunas restricciones en su código.
Una descripción general de InnoDB y MyISAM Los motores de almacenamiento podrían darle la respuesta si ha confiado en algo más que diferencie a los dos.
