el cliente 'mysql' ignorará totalmente el parámetro -P, si detecta que mysql se está ejecutando en un socket de Unix. Entonces, aunque solicite el puerto sphinxQL, se está conectando a mysql
Usar
mysql -P9306 --protocol=tcp
para decirle al cliente que ignore el socket.
Consejo profesional:
mysql -P9306 --protocol=tcp --prompt='sphinxQL> '
que sirve como un útil recordatorio continuo de que está conectado a sphinx, no a mysql :)