Prueba esto...
INSERT INTO admin_rule_module VALUES (13, 2, 'allow')
ON DUPLICATE KEY UPDATE permission = 'allow', entity_id = 2;
Suponiendo que tenga una clave CLAVE ÚNICA (regla_conjunto_id, entidad_id), al menos. Si quieres hacerlo con sentencias condicionales y múltiples, tienes que ponerlo en un PROCEDIMIENTO o una FUNCIÓN.