No es un atajo de teclado.
La única opción es abrir otra sesión, use MOSTRAR LISTA DE PROCESOS y luego KILL QUERY el que desea cancelar.
También puede usar mysqladmin
herramienta de línea de comandos para emitir estos comandos.
De cualquier manera, requiere que inicie sesión. Así que no es una gran ventaja sobre simplemente presionar Ctrl-C.