Tomar y agrupar por en EntityFramework

Aquí hay un ejemplo de lo que creo que buscas. Esta consulta devolverá los 3 mejores estudiantes por GPA en cada clase:

using System;
using System.Collections.Generic;
using System.Data.Entity;
using System.Linq;
using System.Text;
using System.Threading.Tasks;

namespace Ef6Test
{

    class Student
    {
        public int Id { get; set; }
        public string Name { get; set; }

        public string Class{ get; set; }

        public decimal GPA { get; set; }
    }

    class Db : DbContext
    {
        public DbSet<Student> Students { get; set; }
    }
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
            using (var db = new Db())
            {
                var q = db.Students
                         .GroupBy(s => s.Class)
                         .SelectMany(g => g.OrderByDescending(s => s.GPA).Take(3));

                Console.WriteLine(q.ToString());

                Console.ReadKey();
            }

        }
    }
}