¿Cómo guardar informes en pdf automáticamente en la base de datos?

Depende de cómo uses tu base de datos, direct jdbc, hibernate, ... Pero básicamente tienes que hacer lo siguiente:

• diseñar una entidad (y tabla ) para contener el blob.
• no use BLOB en MySQL es muy pequeño, mejor LONGBLOB.
• crear un java.sql.Blob from file, por lo general, debe obtener un flujo de entrada del archivo.
• adjuntar blob a entidad de hibernación, parámetro de consulta, ...
• persistir.

Preferiría almacenar archivos en una entidad/tabla diferente, y también almacenar el nombre del archivo, el tamaño, el tipo MIME, la fecha... Estos atributos serán útiles más adelante.

Utilice una relación 1:1 por 1:N entre la entidad propietaria del archivo y la entidad del archivo.

¡Espero que ayude!