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PDO, mysql, transacciones y bloqueo de tablas

Cuando llamas a PDO::beginTransaction() , desactiva la confirmación automática.

Entonces puedes hacer:

$db->beginTransaction();
$db->exec('LOCK TABLES t1, t2, ...');
# do something with tables
$db->commit();
$db->exec('UNLOCK TABLES');

Después de un commit() o rollBack(), la base de datos volverá al modo de confirmación automática.