insert into $table values (1, a, b), (2, c, d), (3, e, f);
Eso realizará una inserción de 3 filas. Continúe según sea necesario para llegar a 100.000. Hago bloques de ~1000 de esa manera cuando trabajo con ETL.
Si sus datos están estáticos en un archivo, transformándolos y usando cargar datos en el archivo será el mejor método, pero supongo que estás preguntando esto porque haces algo similar.
También tenga en cuenta lo que alguien más dijo sobre el tamaño max_allowed_packet que limita la longitud de su consulta.