Si piensa en lo que está tratando de hacer, en realidad no está haciendo una selección contra metadata
.
Primero debe subconsultar eso.
Prueba:
SELECT *
FROM ((select * from metadata limit 5) im)
INNER JOIN `content` ic ON `im`.`rev_id` = `ic`.`rev_id`
WHERE `im`.`id` = '00039'
AND `current_revision` = 1
ORDER BY `timestamp` DESC