Cambie los colores de la barra de Google Chart cuando la entrada de la tabla de datos proviene de datos JSON del servidor

Tienes que hacer un par de cosas. Primero, la creación de su columna es incorrecta; esto:

$table['cols'] = array(
    array('label' => 'Tahun', 'type' => 'string'),
    array('label' => 'Jumlah Persatuan', 'type' => 'number')
    ({type: 'string', role: 'style'})
);

debería ser así:

$table['cols'] = array(
    array('label' => 'Tahun', 'type' => 'string'),
    array('label' => 'Jumlah Persatuan', 'type' => 'number'),
    array('type' => 'string', 'p' => array('role' => 'style'))
);

Luego, cuando esté creando las filas de datos, debe agregar una celda para el estilo:

while($r = mysql_fetch_assoc($query)) {
    $temp = array();
    $temp[] = array('v' => (string) $r['Tahun']); 
    $temp[] = array('v' => (int) $r['Jumlah']); 
    $temp[] = array('v' => <insert style here>); 
    $rows[] = array('c' => $temp);
}