Supongo que aquí has creado una base de datos llamada 'mybase' y usas el usuario 'root' sin contraseña (no hagas eso en la vida real).
Debe recordar agregar la ruta del archivo jar del conector mysql a java classpath. Puede hacerlo agregando la ruta a classpath.txt (\toolbox\local) o usando javaclasspath comando directamente desde Matlab.
Puede establecer su conexión así:
dbname = 'mybase';
username = 'root';
password = '';
driver = 'com.mysql.jdbc.Driver';
dburl = ['jdbc:mysql://localhost:3306/' dbname];
javaclasspath('path-to-mysql-connector\mysql-connector-java-VERSION-bin.jar');
conn = database(dbname, username, password, driver, dburl);
