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¿Cómo vincular a los usuarios a diferentes organizaciones, universidades, empresas con diferentes roles?

-- User USR exists.
--
user {USR}
  PK {USR}
-- Role ROL exists.
--
role_ {ROL}
   PK {ROL}

Xorg es un término genérico para una universidad, una organización o una fundación. Discriminador TYP se utiliza para distinguir entre estos tres.

-- Xorg XOG, of type TYP, named XNM was created
-- (is owned) by user USR.
--
xorg {XOG, TYP, USR, XNM, ...common_cols}
  PK {XOG}
  SK {XOG, TYP}

CHECK TYP in {'U', 'O', 'F'}

FK {USR} REFERENCES user {USR}
-- University (xorg) XOG, of xorg-type TYP = 'U', exists.
--
university {XOG, TYP, ...university_specific_cols}
        PK {XOG}

CHECK TYP = 'U'

FK {XOG, TYP} REFERENCES xorg {XOG, TYP}
-- Organization (xorg) XOG, of xorg-type TYP = 'O', exists.
--
organization {XOG, TYP, ...organization_specific_cols}
          PK {XOG}

CHECK TYP = 'O'

FK {XOG, TYP} REFERENCES xorg {XOG, TYP}
-- Foundation (xorg) XOG, of xorg-type TYP = 'F', exists.
--
organization {XOG, TYP, ...foundation_specific_cols}
          PK {XOG}

CHECK TYP = 'F'

FK {XOG, TYP} REFERENCES xorg {XOG, TYP}
-- User USR is member of xorg XOG, of xorg-type TYP,
-- in role ROL.
--
user_xorg {USR, XOG, TYP, ROL}
       PK {USR, XOG}

      FK1 {XOG, TYP} REFERENCES
     xorg {XOG, TYP}

      FK2 {USR} REFERENCES user  {USR}
      FK3 {ROL} REFERENCES role_ {ROL}

Nota:

All attributes (columns) NOT NULL

PK = Primary Key
AK = Alternate Key   (Unique)
SK = Proper Superkey (Unique)
FK = Foreign Key

Una palabra sobre subtipos . La forma correcta de implementar restricciones para los subtipos sería usar aserciones (CREATE ASSERTION ), pero todavía no está disponible en las principales bases de datos. Estoy usando FKs en cambio, y como todos los demás métodos de sustitución, no es perfecto. La gente discute mucho, sobre SO y SE-DBA, qué es mejor. Te animo a que compruebes también otros métodos.