En Php hay una función llamada nl2br
echo nl2br("hello\nWorld");
y el resultado es
hello<br/>World
En sql hay una función llamada REPLACE
UPDATE yourtable SET field=REPLACE(REPLACE(field, CHAR(13), ''), CHAR(10), '')
Y finalmente en javaScript tienes replace
también
myString = myString.replace(/\r?\n/g, "");
Buena suerte