...
PARTITION p0
VALUES LESS THAN (1288562400000)
DATA DIRECTORY ="C:\\foo\\bar"
INDEX DIRECTORY ="C:\\foo\\baz",
...
Tenga en cuenta que esto necesita que NO_DIR_IN_CREATE esté apagado
Como señala el usuario 963602, esto no funciona directamente en Windows debido a un error de MySQL, consulte mi comentario para obtener una solución