Intente seleccionar los duplicados primero, luego elimínelos
DELETE FROM usa_city WHERE city_id IN
(
SELECT city_id FROM usa_city
GROUP BY city_name, id_state
HAVING count(city_id) > 1
)
¡¡¡Espero que ayude!!!
MODIFICADO:según el comentario, si desea mantener un registro , puede hacer una unión y mantener el valor más bajo
DELETE c1 FROM usa_city c1, usa_city c2 WHERE c1.id < c2.id AND
(c1.city_name= c2.city_name AND c1.id_state = c2.id_state)
Asegúrese de hacer una copia de seguridad antes de ejecutar la consulta anterior...