Intente reducir significativamente el tamaño de la caché de consultas. 1G es probablemente demasiado grande.
Comience con 16M o 32M y ajuste query_cache_limit en consecuencia (¿256K?), y avance a medida que aumenta el rendimiento de lectura sin llegar a "Esperando el bloqueo de caché de consulta" en las escrituras.
"Tenga cuidado con el tamaño de la caché de consultas demasiado grande, lo que aumenta la sobrecarga necesaria para mantener la memoria caché, posiblemente más allá del beneficio de habilitarlo. Los tamaños en decenas de megabytes suelen ser beneficiosos. Los tamaños en cientos de megabytes pueden no serlo".http://dev.mysql.com/doc/refman/ 5.6/en/query-cache.html
