matriz mySQLi directamente a la matriz json

Si su consulta no tiene ningún parámetro, también puede evitar usar la declaración preparada. Algo como esto debería ser suficiente

header('Content-type: application/json');
echo json_encode(
    $conn->query('SELECT id, name FROM thetable')
         ->fetch_all(MYSQLI_ASSOC)
);
exit;

Si necesita la declaración, use mysqli_stmt::get_result

$stmt = $conn->prepare($sql);
// $stmt->bind_param(...);
$stmt->execute();
$result = $stmt->get_result();

header('Content-type: application/json');
echo json_encode($result->fetch_all(MYSQLI_ASSOC));
exit;