¿Encuentra las 10 ciudades más cercanas con MySQL usando latitud y longitud?

No puede usar tener porque no está agrupando por nada. Lo que debe hacer es repetir lo que hizo en la selección en el lugar.

$query = "SELECT *, 
( 3959 * acos( cos( radians('$slatitude') ) * 
cos( radians( latitude ) ) * 
cos( radians( longitude ) - 
radians('$slongitude') ) + 
sin( radians('$slatitude') ) * 
sin( radians( latitude ) ) ) ) 
AS distance FROM cities WHERE ( 3959 * acos( cos( radians('$slatitude') ) * 
cos( radians( latitude ) ) * 
cos( radians( longitude ) - 
radians('$slongitude') ) + 
sin( radians('$slatitude') ) * 
sin( radians( latitude ) ) ) ) < '$miles' ORDER BY distance ASC LIMIT 0, 10";

o podrías hacer algo como esto:

$query = "
SELECT * FROM (
  select *, 
  ( 3959 * acos( cos( radians('$slatitude') ) * 
  cos( radians( latitude ) ) * 
  cos( radians( longitude ) - 
  radians('$slongitude') ) + 
  sin( radians('$slatitude') ) * 
  sin( radians( latitude ) ) )) as distance from cities
) WHERE distance < '$miles' ORDER BY distance ASC LIMIT 0, 10";