Me doy cuenta de que esta pregunta es bastante antigua ahora, pero no fue respondida.
Diría que el generador de esquemas de Laravel es más por conveniencia y compatibilidad multiplataforma que por rendimiento.
Si desea optimizar ALTER
consultas, sugeriría usar el DB
fachada y escribir SQL sin formato.
Schema::table('table', function (Blueprint $table) {
DB::statement('ALTER TABLE table DROP COLUMN a, DROP COLUMN a;');
});