¿Cómo implementar este programa para importar en una tabla sin usar la declaración INSERT INTO SELECT?

Puede (y debe) incluir la consulta de selección de ID de concepto dentro de un IN cláusula:

INSERT INTO snomedinfo_data (refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                             languagecode, typeid, term, caseSignificanceid) 
    SELECT refid, id, effectivetime, active, moduleid, conceptid, 
                    languagecode, typeid, term, caseSignificanceid 
           FROM snomed_descriptiondata 
           WHERE active = 1 AND conceptid IN 
               (SELECT cd.id FROM snomed_conceptdata cd WHERE cd.active = 1)

De esta manera, debería poder hacer todo en una declaración que será mucho más rápida que procesar los mismos datos fila por fila (también conocido como lento por lento) por el controlador JDBC.