java.sql.SQLException:el campo 'id' no tiene un valor predeterminado

Te falta AUTO INCREMENT para la clave principal en la tabla de tiempos de llegada. Solo necesita agregar AUTO_INCREMENT mientras se crea la tabla

stt.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS arrivaltimes(id INT(11) NOT NULL  AUTO_INCREMENT PRIMARY KEY,"
            +  " weekday VARCHAR(20) NOT NULL,"
            + "arrivaltime time NOT NULL,"
            + " stop_id INT, FOREIGN KEY fk_stop_id(stop_id) REFERENCES stops(stop_id) )" );