Depende del motor de almacenamiento que esté utilizando. Las tablas MyISAM no admiten índices agrupados, por lo que las claves principales de las tablas MyISAM no están agrupadas. Sin embargo, la clave principal en una tabla InnoDB está agrupada.
Debe consultar el Manual de MySQL para obtener más detalles sobre las ventajas y desventajas de cada motor de almacenamiento.
Necesita tener una clave principal; si no crea uno usted mismo, MySQL creará uno oculto para usted. Siempre puede crear un campo AUTO_INCREMENT para la clave principal (esto es preferible a que MySQL tenga campos ocultos en su tabla, creo).