Usar solo PHP sería bastante problemático, tendría que obtener todos los registros de su tabla mysql, crear las tablas apropiadas en sqlite3 e insertar los registros.
Por lo que puedo decir, solo quiere hacerlo automáticamente, por lo que no vería el daño en el uso de programas de shell. Podrías hacer esto fácilmente usando el exec función:http://nl3.php.net/manual/en/function .exec.php
