Prefiero poner cada consulta más grande en un archivo. De esta manera, puede resaltar la sintaxis y es fácil de cargar al iniciar el servidor. Para estructurar esto, generalmente tengo una carpeta para todas las consultas y dentro de esa carpeta para cada modelo.
# queries/mymodel/select.mymodel.sql
SELECT * FROM mymodel;
// in mymodel.js
const fs = require('fs');
const queries = {
select: fs.readFileSync(__dirname + '/queries/mymodel/select.mymodel.sql', 'utf8')
};