Su pregunta cubre un tema muy complejo con muchas cuestiones que deben tenerse en cuenta antes de decidir una solución. Factores como la cantidad de datos que cambian por intervalo de tiempo, el ancho de banda y la latencia de la conexión de red, la confiabilidad de la conexión de red, la seguridad de los datos, la autenticación, la autorización, los procedimientos de respaldo y recuperación, la conmutación por error y la tolerancia a fallas son solo el comienzo.
Este artículo de Amazon analiza la replicación de una base de datos MySQL alojada localmente en RDS. Un dato interesante de este artículo es:
Migración de datos MySQL locales a Amazon RDS
