Cómo ejecutar el código dentro del cuadro de confirmación de javascript

No puede ejecutar el comando MySQL o PHP dentro de javascript, lo que puede hacer en su lugar es crear una función PHP a la que pueda llamar con Ajax. La mejor manera es usando jQuery o por redireccionando la página con su función PHP en URL.

<script type="text/javascript">  
    if (confirm("This seems to be Duplicate. Do you want to continue ?"))
    {
        $.ajax({
            url: 'your_path_to_php_function.php',
            type: 'POST', // Or any HTTP method you like
            data: {data: 'any_external_data'}
        })
        .done(function( data ) {
            // do_something()
        });
    }
    else
    {
        window.location = 'your_url?yourspecialtag=true'
    }
 </script>