¿Cómo recuperar datos grandes de mysql a php?

Ok, entonces gracias a Pablo Jiménez, eso fue rápido.

El búfer de Pdo era realmente demasiado pequeño, al hacerlo pude recuperar mis datos.

$pdo = new PDO(
$dsn,
$username,
$password,
array(PDO::MYSQL_ATTR_MAX_BUFFER_SIZE => 2097152)

);