MySQL:declaraciones IF / THEN en procedimientos almacenados

Por lo que puedo ver, tienes algunos problemas:

1. Como señaló David, todas y cada una de las declaraciones deben terminar con un ;
2. Si haces SELECT , mejor asegúrese de que solo pueda seleccionar un valor haciendo un LIMIT 1; Si tiene una función agregada como min() entonces solo puede salir un valor.
3. Si escribe el procedimiento utilizando CREATE PROCEDURE ... sintaxis, no olvide configurar DELIMITER $$ antes de CREATE PROCEDURE ... END $$ cuerpo y un DELIMITER ; después.
4. Si tiene varias declaraciones dentro de su IF THEN ... END IF block, es una buena idea ponerlos dentro de un BEGIN ... END; bloque.
5. Si tiene un valor de retorno, como agencia aquí, ¿por qué no convertirlo en un FUNCTION name (arg1: INTEGER) RETURNS INTEGER en lugar de un PROCEDURE name (IN arg1 INTEGER, OUT agency INTEGER) . La función es mucho más versátil.

DELIMITER $$

CREATE PROCEDURE name(arg1 INTEGER, arg2 INTEGER, ...)
BEGIN

  SELECT SET agency = 
    COALESCE((SELECT org_agency_o_id 
            FROM orgs_agencies 
            WHERE org_agency_code = maj_agency_cat) LIMIT 1,
    (SELECT min(org_id) FROM orgs     
    WHERE org_name LIKE CONCAT('U.S.',SUBSTRING(maj_agency_cat,5)))); 

  IF agency IS NULL THEN BEGIN
    -- execute multiple queries   
    INSERT INTO orgs (org_name
                     ,org_name_length
                     ,org_type
                     ,org_sub_types) 
    VALUES (CONCAT('U.S. ',SUBSTRING(maj_agency_cat,5))
           ,LENGTH(CONCAT('U.S. ',SUBSTRING(maj_agency_cat,5)))
           ,'org','Org,GovernmentEntity,Federal,Agency');

    SET agency = LAST_INSERT_ID();
  END; END IF;
END $$

DELIMITER ;