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El método table_exists() podría no estar funcionando correctamente

Intenta usar var_dump() en lugar de echo . Los valores booleanos no funcionan bien con echo .

var_dump( $this->db->table_exists('users') );

El código fuente de table_exists se parece a esto:

function table_exists($table_name)
{
    return ( ! in_array($this->_protect_identifiers($table_name, TRUE, FALSE, FALSE), $this->list_tables())) ? FALSE : TRUE;
}

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Si echa un vistazo a _protect_identifiers agrega el nombre de la base de datos al nombre de la tabla. Pero debería haber un . entre db.table . ¿Tal vez tu configuración de db está en mal estado?