Supongo que la configuración es por usuario. En primer lugar, le sugiero que escriba una clase contenedora que accederá a la configuración. De esa manera, solo podría cambiar el núcleo de la configuración en una clase, no en todo el código.
class configuration {
public function get_user_configuration() {
// return users configuration
}
}
Creo que sería más fácil almacenar la configuración en la base de datos. Porque entonces probablemente se hará una copia de seguridad de la configuración a diario y se podrá exportar fácilmente.
Almacenar en caché esta configuración es una buena idea. La forma más fácil sería almacenarlo en caché en la sesión. También puedes probar Memcache o APC.
