La confirmación automática no lo ayudará aquí, start transaction lo anula.
Las transacciones pendientes serán revertidas tan pronto como se agote el tiempo de conexión O el cliente se vuelva a conectar, lo que ocurra primero.
No hay forma de confirmar una transacción pendiente, la única opción posible es una reversión.
Si desea comprender la salida de estado de InnoDB, consulte:
http://www.mysqlperformanceblog.com/2006/07/17/show-innodb-status-walk-through/
