No estoy seguro exactamente de lo que quieres hacer. Pero, puedes poner cualquier select
instrucción en un insert . . . select
declaración y todavía uso on duplicate key update
. Por ejemplo:
insert into Table1(field1, field2)
select 1, 2
from table1 t1 join
table2 t2
on t2.id = t1.field_id
where t2.addr = '123456'
on duplicate key update field1 = 1, field2 = 2;