Si la tabla email_data_test es MyISAM y estaba bloqueada, habría retrasado INSERT.
Si la tabla email_data_test es InnoDB, entonces se estaban escribiendo muchos datos de MVCC en ib_logfiles, lo que puede no haber ocurrido todavía.
En ambos casos, la cláusula LIMIT se desplazó por 4 480 000 filas solo para llegar a las 10 000 filas que realmente necesitaba INSERTAR.
Eliminar la consulta solo hace que la tabla de InnoDB email_data_inno_stage ejecute una reversión.