No sé cómo está importando los CSV, pero la forma en que lo haría sería escribir un script (php/perl) para leer cada archivo, redondear o recortar la marca de tiempo a segundos y ejecutar instrucciones INSERT en la BASE DE DATOS.
Algo como
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
Ejecute esto desde la línea de comando y debería hacer el trabajo
