Su (aparentemente no tan) "creador de unión inteligente" probablemente vea el .
y cree que se relaciona con otra mesa. Es posible que desee presentar un error con el autor.
Sin embargo, eres vulnerable a la inyección SQL concatenando la entrada directamente en la consulta de esa manera. Resolver eso probablemente también resolverá su problema de unión. Revisando rápidamente la documentación , la sintaxis de vinculación de parámetros parece que debería ser esta:
$fpdo->from('users')
->where('users.email LIKE ?', '%' . trim($_GET['email']) . '%')
->fetchAll();