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MySQL Seleccionar de la categoría en la tabla y donde Count (del producto de la categoría de otra tabla) es mayor que cero

Puedes usar EXISTS :

SELECT category, categoryID 
FROM categories AS c
WHERE EXISTS (SELECT 1 
              FROM products AS p
              WHERE p.categoryID  = c.categoryID )

o una INNER JOIN :

SELECT DISTINCT category, categoryID 
FROM categories AS c
INNER JOIN products AS p ON p.categoryID  = c.categoryID

o IN operador:

SELECT category, categoryID 
FROM categories 
WHERE categoryID IN (SELECT categoryID FROM products)