Quieres UPDATE FROM :
UPDATE N1
SET N1.is_last_child = 1
FROM Node N1
LEFT OUTER JOIN Node N2
ON N1.ID = N2.Parent_ID
WHERE N2.ID IS NULL
La combinación externa izquierda es conceptualmente lo mismo que usar NOT IN solo que es más fácil de leer y no necesita un montón de consultas anidadas.
