Caso MySQL con Insertar y Actualizar

No debería funcionar tan bien de esa manera. Cambie su consulta para que sea como

               INSERT INTO `archive_course_users`     
                (`course_id`, `user_id`, `course_qty`)
                SELECT @new_course_id, '$user_id', `course_qty`
                FROM `current_course_users`
                WHERE `course_id` = '$course_id'
                AND `user_id` = '$user_id'
                AND NOT EXISTS (
            SELECT 1
            FROM `archive_courses`
            WHERE `original_course_id` = '$course_id'
            AND `version` = '$current_version');