Consultar una base de datos relacional a través de Google DataFlow Transformer

Sí, es posible. Puede hacer que su objeto de conexión sea transitorio para que no se serialice y crearlo una vez por paquete a través de startBundle método. Una vez que se procesan todos los elementos del paquete, la conexión se puede cerrar a través de finishBundle método.

class MyDoFn extends DoFn<X, Y> {
  private transient Connection jdbc;

  @Setup
  public void setup(Context c) {
    jdbc = // Create connection
  }

  @ProcessElement
  public void processElement(ProcessContext c) {
    // query database
  }

  @Teardown
  public void tearDown(Context c) {
    // close connection
  }
}