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mysql cómo obtener el segundo valor más alto con grupo por y en una combinación izquierda

Primero, no necesita una tercera unión en absoluto. Puede hacer su cálculo en una combinación:

from (select id
      from owner
      where date_format(auction_date,'%Y-%m-%d %H:%i:00') = date_format(NOW(),'%Y-%m-%d %H:%i:00')
     ) as a left join
     (select owner_id, max(nb) as maxbid, max(mb) as maxautobi
      from auction
      group by owner_id
     ) b
     on a.id=b.owner_id;

Obtener el segundo valor más grande para mb luego usa un truco, que involucra substring_index() y group_concat() :

   from (select id
          from owner
          where date_format(auction_date,'%Y-%m-%d %H:%i:00') = date_format(NOW(),'%Y-%m-%d %H:%i:00')
         ) as a left join
         (select owner_id, max(nb) as maxbid, max(mb) as maxautobi,
                 substring_index(substring_index(group_concat(mb order by mb desc), ',', 2), ',', -1
                                ) as second_mb
          from auction
          group by owner_id
         ) b
         on a.id=b.owner_id;

La idea es concatenar los valores juntos, ordenándolos por mb . Luego tome el segundo elemento de la lista. El único inconveniente es que el valor se convierte en una cadena de caracteres, incluso cuando comienza como un número.